Pacjent do badania przyjmuje pozycję siedzącą. Badający znieczula gardło pacjenta środkiem znieczulającym w postaci aerozolu w celu zniesienia odruchu wymiotnego. Po kilku minutach badający wprowadza zgłębnik (zależnie od typu zgłębnika i warunków anatomicznych) przez usta albo przez nos do żołądka. Po opróżnieniu żołądka z zalegającej treści zbiera się sok żołądkowy produkowany w ciągu godziny (przez odessanie) - ta porcja służy do określenia BAO. Następnie, po wstrzyknięciu jednego z następujących preparatów: 1) histaminy lub histamolu (podskórnie), 2) pentagastryny (podskórnie lub domięśniowo), 3) insuliny (podskórnie albo dożylnie), zbiera się sok przez godzinę w czterech 15-minutowych porcjach - te porcje służą do określania MAO i PAO.
MAO oblicza się przez zsumowanie całkowitej ilości kwasu (objętość odessanego soku żołądkowego razy stężenie kwasu solnego) jaka została wydzielona w ciągu 1 godziny po wstrzyknięciu środka wydzielniczego. Wskaźnik ten wyraża się w mEq/godz. PAO oblicza się przez zsumowanie ilości kwasów wydzielonych w ciągu dwóch 10 minutowych okresów i pomnożeniu wartości wyrażonej w mEq/godz przez 3, lub można wziąć pod uwagę okres 15 minutowy, ale uzyskaną z zsumowania wartość trzeba pomnożyć przez 2. Bierze się pod uwagę okresy, w których stężenie kwasu solnego było najwyższe.
Wynik badania przekazywany jest w formie opisu (z podanymi wartościami liczbowymi BAO (MAO i ewentualnie PAO).