Badanie polega na wprowadzeniu przez usta pacjenta specjalnie skonstruowanej kapsułki - zwanej od nazwiska konstruktora kapsułką Crosby'ego - i pobraniu przy jej użyciu wycinka tkanki ze ściany jelita cienkiego. Kapsułka jest połączona długim (ponad 1,5 m długości) i cienkim (około 3 mm szerokości) zgłębnikiem, którego jeden koniec pozostaje na zewnątrz ciała pacjenta, podczas gdy drugi (z kapsułką) spoczywa w przewodzie pokarmowym. Gdy kapsułka znajdzie się w jelicie cienkim, wówczas za pomocą strzykawki podłączonej do wolnego końca zgłębnika wytwarza się w niej podciśnienie. W ten sposób przez otwór w kapsułce do jej wnętrza przedostaje się śluzówka jelita i zostaje uruchomiony mechanizm tnący. Tak uzyskany materiał biopsyjny zostanie później poddany badaniu morfologicznemu. Problemem jest dość długi czas potrzebny na przedostanie się kapsułki do jelita cienkiego, użycie promieni rentgenowskich do kontroli położenia kapsułki oraz trudności, jakie można napotkać, gdy kapsułka nie przekracza odźwiernika. Przeszkody te można ominąć, gdy kapsułkę Crosby`ego wprowadzi się przy pomocy fiberoskopu. Wspomniany wyżej zgłębnik wprowadza się do kanału biopsyjnego fiberoskopu przez dystalny (dalszy) jego koniec, tak aby kapsułka znalazła się kilka milimetrów przed ujściem tego kanału. Tak przygotowany fiberoskop (patrz dodatkowo: "Panendoskopia górnego odcinka przewodu pokarmowego") wprowadza się maksymalnie daleko do przewodu pokarmowego. Następnie, popychając zgłębnik, przesuwa się kapsułkę jeszcze dalej wzdłuż jelita. Wszystkie inne czynności związane z wytworzeniem podciśnienia i uzyskaniem materiału biopsyjnego wyglądają jak w opisie powyżej.

Nie ma bezwzględnej konieczności wykonywania wcześniej innych badań. Przed badaniem pacjent pozostaje na czczo. Patrz dodatkowo "Sposób przygotowania do znieczulenia" w "Metody anestezjologiczne w badaniach diagnostycznych" w rozdziale "Metody znieczulania".
Badanie wykonuje się w znieczuleniu miejscowym w przypadku użycia fiberoskopu. Wskazane jest również podanie środka uspokajającego

Badanie przy tradycyjnym sposobie postępowania trwa kilkadziesiąt minut, a nawet czasem kilka godzin. W przypadku opisanej modyfikacji czas badania skraca się do kilku minut

W przypadku wykorzystania fiberoskopu (panendoskopu) należy udzielić takich informacji jak w przypadku badania: "Panendoskopia górnego odcinka przewodu pokarmowego".

Tak jak po panendoskopii górnego odcinka przewodu pokarmowego, z użyciem fiberoskopu (patrz: "Panendoskopia górnego odcinka przewodu pokarmowego"). W innym przypadku nie ma specjalnych zaleceń.

Występują bardzo rzadko (krwawienie lub przedziurawienie - perforacja jelita). Badanie może być powtarzane wielokrotnie. Wykonywane jest u pacjentów w każdym wieku. Może być wykonane u kobiet w ciąży, pod warunkiem zastosowania metody bez użycia promieni rentgenowskich. W metodzie z użyciem promieni rentgenowskich należy unikać wykonywania badania u kobiet w II połowie cyklu miesiączkowego, u których zaistniała możliwość zapłodnienia.